El objetivo principal de la Unidad Ejecutora, y de sus líneas de trabajo, apunta a la aplicación de instrumentos de gestión ambiental (IGAs) que mejoren la compatibilidad ambiental de Planes, Programas y Proyectos (PPP) con su entorno, en las distintas etapas de desarrollo de los mismos, esto es: etapa previa o de diseño, construcción, operación o funcionamiento y cierre o abandono. La prioridad son los PPP vinculados a la Ingeniería Hidráulica y Civil.
Estos IGAs se pueden aplicar de manera transversal a distintos tipos de PPP y en entornos de distintas características. Ello obliga a trabajar de manera interdisciplinaria lo cual se puede observar en la misma conformación de Unidad Ejecutora.